커피도 농산물이므로 농약을 사용하는 농장들이 종종 있다. 반면에 농약이나 화학 비료를 전혀 사용하지 않고 재배한 커피도 있는데, 이를 유기농 커피라고 한다. 우리가 흔히 접하는 오가닉 커피를 우리말로 표기한 것이다. 웰빙 열풍으로 건강을 생각하는 사람들이 늘어남에 따라 유기농 커피에 대한 관심과 소비도 더불어 늘어나는 추세이다.

유기농 커피는 비료나 농약을 사용하지 않기 위해 바나나나무같이 잎이 넓은 나무를 심어 그늘 아래(shade grown coffee)에서 재배한다. 유기농 커피라고 해서 맛이 더 좋은 것은 아니다. 하지만 사람의 손이 더 가기 때문에 일반적인 커피보다 가격이 비쌀 수밖에 없다. 그럼에도 유기농으로 커피를 재배하는 일부 농가들은 생계에 어려움을 겪는다. 가난한 소작 농가들의 경우 농약이나 비료를 살 돈 자체가 없으므로 자연히 유기농 재배를 하기 마련인데, 유기농 인증을 받는 절차가 까다롭고 아직 세계적으로 인증서를 발부하는 공식기관이 없는 터라 유기농 상품으로 인정받기에는 어려움이 따르기 때문이다.